発送済み商品の返品が行われた場合に、対象注文の領収書はどのような表記になりますか？

一部返金の場合や送料もあるので、一概には申し上げられませんが、
例えば送料も含めて返品と返金があって最終的な支払い金額が0円の
場合、Shopify上での注文情報で0円になっていると仮定します。

その場合の領収書の金額は0円となります。
なお、アプリ側で注文情報の状況に手を加えることはございません。